BankTrans is momenteel niet digitaal ondertekend. Hierdoor is voor de diverse browsers en virusscanners niet bekend waar het vandaan komt (onbekende uitgever). Deze programma's gaan hier steeds strenger mee om en tegenwoordig wordt soms zelf uitdrukkelijk afgeraden om het programma te downloaden omdat de herkomst niet bekend is of het mogelijk een virus bevat. Dat is in het geval van BankTrans niet waar. U kunt BankTrans dan ook gewoon installeren. Uiteraard dient u wel altijd een goede bijgewerkte virusscanner te hebben om de risico's te beperken.
Het is mogelijk om BankTrans te ondertekenen maar dit kost momenteel meer dan 100 Euro per jaar. Aangezien BankTrans gratis ter beschikking wordt gesteld is hiervoor geen budget. Op dit moment wordt naar een oplossing gezocht om deze meldingen in de toekomst te voorkomen.